A-01：A-01 のコントローラーにアサインしたコントロール・チェンジを操作すると内蔵シンセの音も変わってしまいます。 – Roland Corporation

内蔵シンセはコントロール・チェンジで音色を操作することができます。

（詳しくは A-01 追加マニュアルをご覧下さい。）

内蔵シンセをコントロールしたくないときは PATCH パラメーターの Synth Ctrl Src で内蔵シンセの MIDI チャンネルを変えることで対応できます。