MS-3 のスイッチャー機能は、ES-5 と比較し、以下の違いがあります。
- MS-3 は、LOOP 1 ～ 3 の並び順を変更することができません。
- MS-3 にはミキサー機能がないため、エフェクトの並列接続やキャリーオーバー（ディレイ音を残す）ができません。
- MS-3 は、外部からの MIDI メッセージで動作しません。
- ES-5 のマニュアル・モードは、各 LOOP の ON/OFF 専用スイッチで構成されますが、MS-3では、各スイッチに様々な機能を自由に設定することができます。
- MS-3 には Input Buffer の ON/OFF 機能がありません。
- MS-3 には、Assign の Target に Patch MIDI がないため、プログラム・チェンジ・ナンバーを送れるのは、メモリー・モードでパッチを選んだときのみです。