GT-1000本体のシステム・プログラムが、Ver.1.20以降である可能性が考えられます。
Ver.1.20より、USBポートの「MAIN」と「DRY」の順番が入れ替わりました。
エフェクトがかかった音をDAWソフトウェアで録音する場合は、「1-2 GT-1000」（GT-1000 MAIN）を選んでください。
※ 変更内容について、詳しくは「GT-1000 システム・プログラム （Ver.1.20）」をご覧ください。
※ 最新バージョンのUSBドライバーとBOSS TONE STUDIOをお使いください。